Vom nördlichen Querhaus aus gelangt man seitlich in die romanische Unterkirche des Doms. Ursprünglich lag der Zugang zu Seiten des Kreuzaltars im Langschiff, wurde jedoch nach 1687 an die jetzige Stelle verlegt. Die Unterkirche ist der älteste Bauteil des Braunschweiger Doms. Sie erstreckt sich als dreischiffige Hallenkrypta unter der Vierung und dem Hohen Chor. Die Krypta ist für eine Unterkirche verhältnismäßig hell, da sie nicht wie für eine Krypta üblich unter dem Bodenniveau liegt und so von außen belichtet werden konnte. Ihr Raum besteht aus zwei Teilräumen und der abschließenden Apsis. Besondere Aufmerksamkeit verdienen in dem neunjochigen Raum die vier Säulen unter der Vierung, die die Stützfunktion übernehmen. Drei der Säulenschäfte aus Sandstein sollen aus dem Vorgängerbau des Doms, der Stiftskirche der Brunonen, übernommen worden sein.
Die Krypta beherbergt die Särge der Welfenfürsten bis zum 19. Jahrhundert. Besonders erwähnenswert sind die Särge Herzog Karls I. († 1780), der mit der neben ihm liegenden Philippine Charlotte, einer Schwester des Preußenkönigs Friedrichs des Großen, vermählt war. Herzog Karl I., ein Fürst der Aufklärungszeit, hatte mit dem 1745 gegründeten Collegium Carolinum die erste Technische Hochschule Europas ins Leben gerufen. Außerdem erwähnenswert, weil für die braunschweigische Geschichte wichtig und ein volkstümlicher Held, ist Herzog Friedrich Wilhelm (1771-1815), der „Schwarze Herzog“, dessen Sarg im Scheitel der Krypta steht. Er hatte ein Freikorps gegen Napoleon versammelt, das wegen seiner schwarzen Uniformen „Schwarze Schar“ genannt wurde und in der Entscheidungsschlacht bei Waterloo den Sieg über Napoleon mit herbeiführte.
- Ferdinand Albrecht I. (1636-1687), residierte von 1667-1687 in Bevern, verheiratet mit Christine
Christine (1646-1702), Tochter des Landgrafen Friedrich von Hessen-Eschwege
Ferdinand Christian (1682-1708), Propst von St. Blasii und St. Cyriaci
Friedrich Georg (1723-1766), Domherr in Lübeck
Heinrich Ferdinand (1684-1706), Oberleutnant
August Ferdinand (1677-1704), Generalmajor
Wilhelm (1806-1884), Sohn von Friedrich Wilhelm
Karoline Amalie Elisabeth (1768-1821), Schwester des „Schwarzen Herzogs“,
verheiratet mit König Georg IV. von England
Albrecht (1725-1745), Preußischer Generalmajor
Ferdinand (1721-1792), Preußischer Feldmarschall
Friedrich Wilhelm (1771-1815), Herzog Öls, genannt „Schwarzer Herzog“,
verheiratet mit Marie Prinzessin von Baden, Sohn von Karl Wilhelm Ferdinand, gefallen bei Quatrebras (Waterloo)
Karl Wilhelm Ferdinand (1735-1806), verheiratet mit Prinzessin Auguste von England
Elenore Charlotte (1686-1748), Tochter des Herzogs Friedrich Kasimir von Curland
Ernst Ferdinand (1682-1746), Propst von St. Blasii und St. Cyriaci, verheiratet mit Elenore Charlotte
Ludwig Ernst (1718-1788), Reichsgeneralfeldmarschall, General-Kapitän der Niederlande
Friedrich Franz (1732-1758), Preußischer Generalmajor
a) Friedrich Wilhelm (1731-1732)
Leopold (1752-1785), Preußischer Generalmajor
Philippine Charlotte (1716-1801), Schwester Friedrich des Großen
Karl I. (1713-1780), regierte ab 1735, verheiratet mit Philippine Charlotte
Ferdinand Albrecht II. (1680-1735), Kaiserlicher Generalfeldzeugmeister und Reichsfeldmarschall, verheiratet mit Antoinette-Amalie
Antoinette-Amalie (1696-1762), Jüngste Tochter von Herzog Ludwig Rudolf
Heinrich der Löwe (1129-1195), Herzog von Sachsen und Bayern, verheiratet mit Mathilde von England, Erbauer des Braunschweiger Doms
Mathilde von England (1156-1189), Tochter des englischen Königs Heinrich II., verheiratet mit Heinrich dem Löwen
Sarkophag der Brunonen
- Markgräfin Gertrud (gestorben 1077), Gründerin der ersten Stiftskirche (1030)
- Markgraf Ekkbert II. (gestorben 1090)
- Gräfin Gertrud (gestorben 1117), Schwester Ekkberts II., Gründerin von St. Aegidien und Urgroßmutter Heinrichs des Löwen